鸠摩智，藏地曾经的“大轮明王”，本是德高望重的修佛之人，当年却因生出邪念贪着世上武功，前往大理攻进天龙寺，要抢夺天龙寺的镇派之宝“六脉神剑”；后来更是凭借一身小无相功大闹少室山，搅得中原武林一时不得安宁。后来在一处枯井之中他练功出错走火入魔，将一身武功内力全部传给了段誉，自己却因祸得福大彻大悟重返空明，回归吐蕃后摈弃旧尘一心钻研佛理，成了德高望重的一代高僧。后来已年近百岁的鸠摩智为传播佛法带着自己收下的三个弟子在藏地四处云游，走到一处密林之中休憩之时听到了一阵慌乱的脚步声。鸠摩智循声而至，就见一位手戴枷锁衣衫单薄的少女躺在冰天雪地之中，气息微弱奄奄一息，后面还有许多人举着火把看样子正在追杀这位少女。
鸠摩智作为得道高僧怎能见死不救？故而吩咐三个徒弟前去挡住追兵，自己从行李中找出一件棉袍裹在那少女身上。鸠摩智虽然功力尽失，但他的三个徒弟尽得他真传，特别是三徒弟比古茹最受鸠摩智喜爱，练成了他的绝学火焰刀，在藏地之中已是一流的高手。那追赶卓如的护院家丁和被“主人”豢养的奴隶哪是这三人的对手，被三人轻松打倒几个之后便吓得四处逃窜，再也不敢踏进那林子一步。
鸠摩智为了救这少女性命，决定结束云游，带着她返回自己修行的大昭寺。一路颠簸卓如高烧不退胡言乱语，昏迷的时候多清醒的时候少，但鸠摩智从来没有想过放弃这个少女的性命，亲自对她百般照顾无微不至。过了几日终于回到了大昭寺，鸠摩智连忙找出自己曾经在西夏灵鹫宫宫主那里求来的丹药给卓如服下，因着男女有别，他和三位弟子都是修法的僧人，卓如却是相貌出众的俗家女子，深恐自己庙中有人坏了修行，便将卓如安置在别院之内，从附近的寺庙中请来几位尼姑给她更衣沐浴严加照看，除此之外不许任何人接近别院。
就这样又过了多日，卓如才悠悠转醒，只觉自己躺在一处软床之上，空气中弥漫着佛香的气味，身上盖着黄色的锦被。卓如在她一十五年的人生中从来没有感觉过如此的温暖舒适，只想在这里多躺上一阵，可随后她就觉得又渴又饿，嘴唇干枯喉咙生疼，于是挣扎着坐起身来想要寻一些水喝。这时负责照料她的女尼走了进来，看到她醒了高兴地赶紧从桌上拿起一碗水来递到卓如手中，趁卓如咕嘟咕嘟大口喝水的时候去叫鸠摩智。
随后卓如就见自己昏迷之前看到的那个慈眉善目的老和尚走进屋来坐到自己身前，慢条斯理的询问她的身世。卓如不敢将自己从前干过的事情如实讲来，只说自己是被歹人卖做奴隶的良家女子，后来忍受不住才从“主人”家中逃脱出来。鸠摩智混迹江湖多年哪能看不出来卓如有所隐瞒，但他救卓如性命之时看到她的身上处处是淤青和鞭痕，想来她小小年纪就受了如此大的苦难，悲悯之心顿起，也就没多追问苛责。
突然卓如捂着自己肚子，红着脸羞答答地低声说道：“我，我好饿。”鸠摩智听了微笑着吩咐那几位尼姑给卓如送来饭食。藏地佛教不讲究吃斋茹素，但卓如多日未曾进食，若此时胡吃海塞便有撑死的可能。是以尼姑先给她端来了一小碗煮熟的牦牛肉，配着一小碟豆泥和几张青稞饼让卓如吃下。在之后的几天中逐渐给她加大饭量，如是卓如将养了一个月，原本面黄肌瘦的少女脸上有了血色，展露出她顾盼生辉艳绝众生的美貌。
这日鸠摩智又来看望卓如，卓如翻身从床上下来，对着鸠摩智恭恭敬敬行了三个五体投地的大礼，感念他救了自己性命。鸠摩智心中也备受感动，将卓如从地上扶起，笑着说道：“女施主不必客气，救人一命胜造七级浮屠，我修佛之人必无见死不救之理。如今施主伤势痊愈，在我这里也多有不便，再休养几日便可下山去了。”卓如听鸠摩智如此说，以为他是要赶走自己，心中十分难受，跪在地上呜呜直哭。鸠摩智不解其意，柔声问道：“女施主，你何故如此？”卓如呜咽着哭道：“我家早就没了，您也不想要我，下山之后难免再被人卖做奴隶，做奴隶的滋味我早已尝够了，真是生不如死。”随后卓如又哭着给鸠摩智行了个大礼道：“多谢大师救命之恩，我这一辈子从未过得像这几日一样舒坦，实在无颜再叨扰大师，只待我来世再报答您的大恩大德。”说罢卓如毅然起身，抓起身旁一支藏刀就往自己脖子抹去。
鸠摩智万万想不到卓如竟是如此一个烈性女子，连忙握住她的胳膊慈声说道：“施主何苦如此？老僧并非此意！”鸠摩智接着道：“只是施主如此一位冰肌玉骨的女子，怎好常年住在我们寺庙之中？”卓如跪倒在鸠摩智脚边流着泪说道：“如果大师不嫌弃，我愿意作您的弟子，从此斩断尘缘落发为尼!”鸠摩智看这卓如聪明伶俐又与自己有缘，心中本就喜爱，可在她眼神中却感受到无边的戾气。但鸠摩智身为得道高僧，见卓如一片赤诚，又怜惜她的遭遇经历，一向不收女徒弟的他竟为卓如破了例。
从此，卓如剃去一头的秀发，一心一意随鸠摩智修习佛法，给寺庙打扫尘除，侍奉师父和师兄们的饮食起居。鸠摩智和三位师兄对她也如掌上明珠无比关切，在寺里的吃穿用度皆为她尽量满足，是以卓如虽然每天依然辛苦，心中却是十分的幸福。因卓如是女子，鸠摩智并不让她习武，只教给她识字读书，但他教徒弟习武之时却从来不避讳卓如。鸠摩智所传所授皆是天下最为上乘的武功，纵使有数十年根基苦功的武林高手仅凭旁观也难以学得万一，何况一个从未学过武功的卓如？其实卓如也并没有因此埋怨师父，师父能够收留自己她便已心满意足，再加上她也从来没有想过练功习武，就连此前那最基本的瑜伽术，她也许久未练拋在脑后。可谁知卓如在练武上竟有奇绝的天赋，虽然她从未想学，可师兄们一招一式，师父传授的心法口诀早被她无意间记在了脑海之中。
日复一日，年复一年，卓如在大昭寺从青涩的豆蔻少女长成了倾国倾城的绝色美人，因着她还是落发的尼姑，怕自己的美貌横生事端妨碍修行，故而每日都以白纱罩面。五年时间匆匆而过，卓如随鸠摩智将寺中的佛经古页，中原典籍悉数研习，更精通了藏文，梵文，汉文，蒙文；也终于开悟化解了身上的一身戾气。因她智慧过人，每每随鸠摩智开坛讲法云游诵经，对佛法拥有自己的理解和见地，藏地皆称她为大昭寺的“妙法神尼”。
此时的卓如只希望亲自给师父养老送终，之后便青灯古佛了此残生。可无常的命运还是残酷的将她捉弄，天下女子趋之若鹜的美貌对她而言却像是挥之不去的诅咒。卓如的三位师兄都对她关照有加，而她的三师兄比古茹更是对她分外照顾。因比古茹年纪较小，只比卓如大上五岁，长相俊朗健硕，武功又在三位师兄中最高，卓如对他微感倾心，跟他也最为亲近。可卓如自知是了却尘缘的尼姑，与三师兄之间总是点到为止，从来未有越礼之处。一日，比古茹将卓如唤到自己禅房，卓如不曾生疑带着吃食欣然前去。进到比古茹禅房，三师兄还如往日一般温柔大度，与卓如分享食物有说有笑。
可说着说着比古茹就开始对卓如动手动脚，一双大手伸到她的敏感部位。卓如大惊失色连忙将他推开，大声问道：“三师兄，你，你做甚么！”比古茹笑道：“师妹，咱们师父有一门无上瑜伽密乘，乃是世上绝顶的武功，却需男女二人同修方能练成。”说着比古茹展开一卷唐卡，伸手一把抱住卓如的细腰继续说道：“师妹平素与我最为亲近，可愿意做我的明妃？师父对我最为器重，待他往生极乐之后我便会继承他的衣钵，到时师妹便也能共享殊荣！”卓如往那唐卡上一看，只见一男一女正盘坐在一起，做着不可描述的勾当，登时心中泛起一阵恶心，大喊一声便挣脱比古茹环抱往门外跑去。不料比古茹身法迅速，拦在卓如身前，狞笑着骂道：“你这个贱人装甚么贞洁烈女，你以为我不记得当初师父捡到你时你那不知羞的模样？不知你此前与多少男人行过苟且之事，如今在我面前作甚么矜持！”卓如听到这里又气又羞又臊，想到当初被“主人”下了药昏倒在雪地之中，必是情不自禁做出了不合宜的举止，可她最重自己清白从未有过轻贱之心，此时不欲与师兄辩驳，只想赶快从他的禅房之中离开。
比古茹兽性大发，岂能轻易放过卓如，拦在门口就要对她用强。生死攸关之际，卓如本能的运起了曾经旁观记住的火焰刀法，真气迅速集中在掌缘运力劈向了比古茹胸口。比古茹怎么也想不到那个从未学过武功的师妹竟能使出宁玛派的至上绝学“火焰刀”，只觉胸口一阵剧痛“噗嗤”一声吐出一口鲜血，接着被打得从禅房之中破门而出，捂着胸口倒在地上。然而此时的卓如功力低微内力不纯，虽然用出了“火焰刀”但威力比之正宗要小得多，不然这一掌下去比古茹哪里还有命在。
比古茹捂着前心惊恐的看着不知所措的卓如，指着她的脸喊道：“好啊你这个贱人，原来一直在偷学师父的武功！”接着他迅速从地上爬起跌跌撞撞往鸠摩智的禅房跑去，竟要“恶人先告状”。卓如脑中一片空白，呆呆的坐在地上望着自己的双手，不知刚才发生了何事，过了许久就见大师兄和二师兄怒气冲冲的走了过来，一人抓住她一条手臂，按着她的肩头将她架到了鸠摩智面前。只见比古茹正倒在地上口喷鲜血，哭着向鸠摩智说道：“今日弟子正在禅房打坐，师妹突然闯了进来，拿着师父的无上瑜伽密乘唐卡就要逼弟子与她同修，弟子不从想要请师妹出去，没想到她竟然不由分说用出师父的‘火焰刀’打在我的胸口上，弟子受了重伤拼死逃了出来，这才有命来到师父面前。”随后比古茹假惺惺的对鸠摩智哭道：“师妹固然有错，但也是我这个当师兄的未有给她做好表率，我们毕竟师兄妹一场，弟子愿意原谅师妹，求师父对她开恩！”大师兄和二师兄都对比古茹这套说辞信以为真，不顾出家人的身份指着卓如一顿不堪入耳的辱骂，说她不知羞耻忘恩负义，以怨报德禽兽不如。卓如却失魂落魄一般跪在鸠摩智面前一语不发，双眼无神痴痴的垂着头，仿佛什么也听不到一样。
鸠摩智身为百年修为的得道高僧，久历江湖七十余载，哪能不辨是非轻易受人愚弄？他双眼轻瞥便看出自己三徒弟虽然义正言辞道貌岸然，眼神却鬼鬼祟祟躲躲闪闪，卓如则是真的呆在原地不知到底发生了何事。鸠摩智指着比古茹怒道：“小畜生，你真当老僧猪油蒙心了不成，看不出你满嘴的诳言妄语？”比古茹见瞒不过师父，连忙跪在地上对鸠摩智一个劲的叩头，用手掌自己嘴巴，求师父饶恕。大师兄和二师兄俱是耿直之人，见每日朝夕相处的老三居然如此卑鄙，想要强占师妹不成还颠倒是非反咬一口，不由火往上撞想要一同掌毙比古茹。
可比古茹毕竟也是由鸠摩智一手带大，四位弟子之中又最受他喜爱，此时不由动了恻隐之心，便只教大师兄和二师兄将他赶下山去，要他自生自灭永世不再相见。随后鸠摩智看向了跪在地上的卓如，轻轻走到她的身侧将她扶起，询问她如何学会的“火焰刀”。卓如噙着眼泪看向鸠摩智悲声说道：“我，我不知道怎么学会的，可我真的没有偷学师父的武功！”鸠摩智见卓如情真意切不像假话，暗想莫非这女子竟是甚么武学奇才？于是他让大师兄二师兄附耳凑到他的身边，吩咐几句之后便闭眼打坐。大师兄和二师兄听完心中虽有疑虑，但师父发话自己不敢不听，便从卓如身边走过，临到她背后时突然双双出掌打向卓如后背。卓如感受到危险急忙往前一步，随后凭着本能双手用出“火焰刀”接架住二人双掌，竟一人将两位师兄逼退了几步。鸠摩智和两位师兄俱都大为惊骇，谁能想得到大师兄和二师兄几十载的苦功还敌不过只旁观过几人练武的卓如。
鸠摩智心中明白，自己这个最小的女徒弟恐怕是藏地前所未有亘古绝今的天才。可鸠摩智对她视如己出，一心只想她平平安安度过一生，考虑到她毕竟是一位女子，学会绝世的武功对她来说不但无益反而有害。故而从此指导弟子练功之时再也不让卓如旁听。卓如也明白师父的一片苦心，所以将武功的事情抛诸九天云外，一意修心学佛识字读书。
寒来暑往又过了五年，鸠摩智身患重病卧床不起，又有传闻藏地出了一位奇才号称“金轮法王”，在吐蕃风头正盛一时无两。卓如和两位师兄并不关心甚么“金轮法王”，只想好好照料病榻上的师父，送师父最后一程。一日，鸠摩智唤来卓如，将自己手上的一枚指环递给了她，指着大昭寺的大雄宝殿对她轻轻一笑，随后便央她下山去采买一些肉食。卓如拿着指环不知师父是何用意，但还是听话的将它戴在了自己的手上，接着便拿起包袱独自下山而去。
待卓如提着买好的牛羊肉回山之时，却见大昭寺黑雾缭绕火光冲天，一群身着黄袍的番僧将大昭寺团团围住。卓如心中咯噔一下，顾不得其他丢下手里的肉食便往大昭寺跑去，远远却听见有人高喊：“快找那个尼姑，法王