要得是那个尼姑！”便见大昭寺中十几名番僧四处寻找着什么，大师兄和二师兄浑身是血倒在地上。卓如的眼泪不受控制的从眼中流了出来，可她却只能紧紧捂住自己嘴巴不敢发出一点声音。过了几个时辰，一个身材魁梧的藏僧从大昭寺中走了出来，咬牙切齿一脸怒容，卓如看到他的脸时差点忍不住要叫出声：那个所谓的“金轮法王”竟然是自己曾经倾慕的三师兄！
卓如跪在地上缩成一团，不敢发出一点声音，眼泪好似河水一般在脸上奔流，她却只能无助的在地上抽搐颤抖，好像有一股巨力将她的灵魂从身体里抽空。卓如就这样哆嗦着在大昭寺外密林的冷风中待了一夜，身上被冻得全是冰碴，悔恨和愧疚犹如决堤洪水，难以抑制痛彻心扉。金轮法王寻不到卓如，也没有找到鸠摩智藏着的武功秘籍，心中大为光火，率着手下的番僧对大昭寺大肆破坏，甚至将大雄宝殿中佛像的头颅都打得粉碎。一番发泄之后，金轮法王暗想卓如应是自己逃走了，便要率领手下番僧追捕捉拿，一伙人也就接二连三下山去了。
卓如又心惊胆战地躲了大半天才敢走出密林，飞奔至大师兄和二师兄身边，却见他们早已断气多时，尸体已经冰冷僵硬。她来不及悲伤赶紧前往师父的禅房，却见鸠摩智胸口一个鲜红的掌印，七窍流血死状极惨。卓如噗通一声跪倒在师父的面前，最后向他行了一个五体投地的大礼。随后她抱着师父的尸体走到禅院中间，将他和两位师兄放在一起，跪在他们的身前呆若木鸡，脸上没有任何表情，甚至没有落下一滴眼泪。卓如闭着眼睛望向苍天，质问漫天诸佛为何不能护佑自己师父，为何忍心让自己一次又一次的受尽折磨？她不住的怨恨自己，恨自己的美貌让三师兄和师父为她反目，恨自己在最后没能保护好师兄和师父，恨自己没能送师父最后一程，甚至无法与他一同往生极乐。
卓如想过自我了断，可她内心中却生出了一个巨大而残酷的欲念：她不能死，她要活下去为师父和师兄报仇。于是卓如仔细回想师父对自己最后的嘱托，拿起手中的指环反复端详，突然想起大雄宝殿的佛像手上好像有一个与这指环一样大小的凹槽。卓如连忙跑到大雄宝殿，将指环戴到佛像手上，只听“咔吧”一声异响，佛像身后出现了一道暗门，门中藏着的正是鸠摩智一生收集的武功秘籍。原来，鸠摩智早得到消息那金轮法王要杀上山来抢夺武功秘籍，他固然可以逃走，却想着自己时日无多，何苦为多活那一日两日费尽周折？这才唤来大师兄和二师兄，想要让他们护着卓如下山，留下他自己面对那金轮法王。可他的两个徒弟俱是忠诚正直之人，誓要留下来保卫师父，与他同生共死。鸠摩智没有办法，又怕自己的武功秘籍交托无人，他明白那佛像上的凹槽只有每日负责打扫的卓如知道，也相信凭卓如的聪明一定可以想到，这才瞒着卓如将指环托付给她，让她下山采买肉食，躲过了这灭门的劫祸。
卓如心里逐渐清晰，世上的事并非一味忍让逃避便能平安度过，而是要靠绝对的力量和狠辣的心肠。她不禁暗想，如果当初她下手再不留余地一些将三师兄杀死在禅房，师父和两位师兄是不是就不会落得如此下场。卓如心中知道，作为一个藏川的女子，如今摆在面前的只有两条道路：一条是靠自己的色相吸引有权有势的男人，一条则是借助宗教蛊惑人心。卓如两条路都要走，但却再也不愿屈居人下，她要做那个连佛祖也要敬畏的佛母，那个至高天上最高最高的孔雀明王。
卓如走进佛像后的暗门，七天七夜不吃不喝将鸠摩智收集的包括至高武学“小无相功”在内的武功秘籍全部记诵于心，随后便一把火将那世上无数人梦寐以求的珍宝烧的一干二净。卓如面无表情的缓步走出那个承载了她一生中最美好记忆的大昭寺，开始了她东躲西藏朝不保夕的流浪生涯。因为金轮法王在藏川势力极大，卓如只能一边躲避那些密宗番僧的追杀，一边修炼自己记诵的武功。
如是七年时间里，卓如重又束起长发，风姿绰约妩媚动人。她不但将鸠摩智的武功尽数练得炉火纯青，还深知自己身上的武学博而不精杂而不纯，故而隐姓埋名四处寻访名师高人，又加上自己的天赋体悟创出了不动明王劲，金刚不坏身两大神功。
三十二岁那年，卓如武功大成，独自一人寻到了金轮法王的大轮寺。金轮法王在这被逐出师门的十余年投奔了密宗，凭着过人的天赋得传了密宗的护法神功“龙象般若功”，更是派弟子寻来无数民女助他修炼无上瑜伽密乘。此时他“龙象般若功”苦练至第六层，一出手便是六龙六象之力，又寻名工巧匠给自己打造了金银铜铁铅五支转轮，自创绝艺“五轮大转”，已是藏地成名已久的绝世高手。他见自己寻觅多年的师妹竟独自一人闯上山来，外貌不仅比当初更为出众，还平添了一份岁月历练出来的雅致和成熟，不由心痒难耐吩咐手下番僧将师妹捉来见他。
谁知他派出去的人竟一去不返，不过半个时辰金轮法王便看到身穿白衣的师妹浑身浸染着鲜血踏入自己的大轮寺中，虽然她美艳绝伦面沉如水，一身戾气却好似护法的夜叉，九天的罗刹。大轮寺中的百余名番僧还未交手腿脚便先软了，哪敢轻易上前，只因惧怕金轮法王这才奓着胆子颤抖着攻向卓如。不出意料如同秋风扫落叶一般被卓如杀了个干净。
金轮法王自恃武功卓绝，身边又有自己的得意弟子达尔巴，虽然眼见手下的番僧一个个毙命师妹手中，却依然故作镇定面不改色。那达尔巴身材魁梧肩扛一条粗大的黄金杵，尽受金轮法王真传，练就一身的硬功，他性情憨厚懵懂，向来只对师父唯命是从，见师父仇家寻上门来便拼尽全力同师父一起攻向卓如。金轮法王还对自己从前的师妹怀有歹意，想让卓如做自己明妃，生怕使出全身功力将她打死，故而束手束脚不敢放手一搏。可他哪里知道卓如武功已臻绝顶之境，纵使他与徒儿以命相搏也难寻可乘之机。不过数个回合，达尔巴便被卓如一招拈花指击中哽嗓登时毙命。金轮法王错愕之际，卓如聚气掌缘再次用出了“火焰刀”，正如十二年前那样劈中金轮法王胸口。可这一次金轮法王却再也没有之前的运气，“啪”的一声闷响，猛烈无匹的气劲贯胸而过。金轮法王应声倒地，跪在卓如面前用尽最后的力气眼含泪水一口一个师妹，想求卓如放自己一条生路。可卓如轻垂双眸，好像在看一条丧家之犬，伸手又一次的聚起火焰刀，阴狠无匹的劈向金轮法王的脖哽，竟生生将金轮法王的头颅斩落，“咕噜噜”在地上滚了三滚，双目圆瞪至死也想不明白自己怎么会输给曾经同住多年的师妹，那个一心向佛的纤弱女子。
卓如不屑的看了师兄首级一眼，心中未有生出一丝波澜，缓步走进大轮寺。寺中还有一些番僧躲藏在室内，见金轮法王被杀四散奔逃，可是卓如没有丝毫怜悯，见一个杀一个，将大轮寺中金轮法王的徒子徒孙斩尽诛绝。随后她将大轮寺翻了个底朝天，寻到了金轮法王藏匿起来的《龙象般若功》秘籍和从鸠摩智那里偷来的无上瑜伽密乘唐卡。卓如将两件东西揣进怀中，随后便放了一把大火，缓步走出寺门。
周围的藏民皆尊信“金轮法王”，看到大轮寺着火尽都提着水桶从四面八方围拢过来，却见一位女子正从寺门中缓步走来。她披散一头秀发，身着素袍赤着双脚，一手提着达尔巴的黄金杵，面泛宝色法相庄严，容貌绝丽百媚千妍，浑身浸染着鲜血，背后焰若红莲。那些没有见识的藏民哪里见过这样的场面？吓得双腿发软纷纷跪倒在那女子身前。那女子却好似没有看到他们一样自顾下山。从这一刻起，曾经那个无欲无念的“妙法神尼”卓如已经不复存在，取而代之的是日后名震藏川万众宾服的“孔雀明王”。
孔雀明王走到山下，有一处清澈见底的大湖，她蹲在湖边放下金杵，双手捧起水来擦拭身上的血迹。突然听到远处传来婴儿的哭声，孔雀明王便运起轻功上前瞧看。只见一个藏地男子正怀抱着一个女婴，嘴里念念有词：“小冤家，家里还有你两个哥哥，实在养不起你，便把你送到菩萨那里让你早日往生极乐吧。”说罢就要将那刚出生的女婴扔到湖里。孔雀明王瞬间想起了自己的遭遇，忍不住将大杵挥起一杵将那男人打得脑浆迸溅。接着她抱起那个襁褓中的女婴，发现那女孩又黑又瘦，想必生出来时没有吃到奶，心中不由一酸，却见那个女婴竟对着她露出了甜美的笑容。孔雀明王已是年过三旬半生坎坷，这孩子的一笑竟激发出她的母性，于是便对她视如己出收为弟子，起名达央卓嘎。
此后的年月里，孔雀明王自称佛母下凡普度众生，四处云游讲法。因着大轮寺覆灭之时那些藏民四处传说，很快“明王转世诛灭金轮法王”的故事便传遍了藏川。孔雀明王又按寺中的塑像将自己精心打扮，那些愚昧的藏民见了她的模样俱都信以为真，在藏地的信众也越来越多。同时自然也有一些密宗的喇嘛对她不服不忿，四处造谣说她是假借菩萨下凡的妖孽。结果孔雀明王得知立时派人杀到他们寺院之中，尽是斩草除根一个不留。从此以后，藏川便再没有人敢质疑孔雀明王，就算心有不满也是敢怒不敢言。
时光荏苒，又过了十年，在这期间孔雀明王四处云游，见到有被欺侮压迫的女子便会出手相救，随后将其收为弟子。因此她座下弟子尽是身世悲苦的女子。弟子们感激孔雀明王的大恩大德，自然对她忠心耿耿誓死相从。孔雀明王下尽苦功修习“龙象般若功”，突破了第十层的大关，又自创出一门惊天动地的绝世掌法“如来神掌”。同时，她将那唐卡中须得男女同修的无上瑜伽密乘，凭自己的天资奇想加以改进，使得女子之间也可以修行。于是每夜她都与数名弟子同修无上瑜伽密乘，女子之间毕竟不似男女不洁之事，是以孔雀明王满门上下俱是冰清玉洁的处子。因着孔雀明王功力深厚，与她同修对双方都大有裨益，孔雀明王随着年纪增长不但未有衰老，反而更比之前年轻美貌，看上去不过二十几岁的妙龄女子，她的弟子们也均都姿容俏丽驻颜不老。
后来吐蕃国王的弟弟勃伦钦仁听说了孔雀明王的事迹，便欣然召见她入宫讲法。待他见到孔雀明王之时，瞬间便被她的美貌俘获，不管什么菩萨下凡的说法对她百般追求，希望她做自己妃子。孔雀明王眼见自己终于有机会走进权力的中心，故而也假意逢迎，与他情好日密。勃伦钦仁心中笑道：“甚么藏地佛母明王转世，还不就是个为了一己私欲愿意出卖一切的贱婊子？”于是每日都在心中盘算着如何霸占孔雀明王。
可一连过了三年，孔雀明王借助他的势力不断扩大自己的影响。一次藏川发生瘟疫，孔雀明王带领弟子走遍藏川，亲自为藏川的百姓问诊配药，救治了无数条性命。后来更是广传善法四处布施，让藏川人人丰衣足食。她又说法因果报应，对待奴隶残忍依然会得果报，使得藏地奴隶主也不敢再如从前那样虐待他们的奴隶。从此藏川口耳相传孔雀明王是救苦救难的活菩萨，以致她在藏川二地名望已经超过了勃伦钦仁的哥哥吐蕃国王，隐隐已经成为了吐蕃的“太上皇”。可勃伦钦仁别说她的身子，连她的手都还一次没有摸到过。
勃伦钦仁这才意识到原来自己才是被玩弄利用的那个，不由又恼又气，对他的兄长搬弄是非，说这孔雀明王野心若是不得遏制，总有一天便会被取而代之。身居高位之人最为看重的便是自己的权力，吐蕃国王也极为忌惮那孔雀明王，有心将她处死，可此时她在藏川人心归服，若是贸然将她杀掉必将惹出祸端。于是二人商议了一晚，竟定了一条毒计出来。
未过几日，吐蕃国王亲自召见孔雀明王，说他听闻孔雀明王身负绝艺瑜伽秘术登峰造极，心中钦慕不已，想要孔雀明王向文武群臣和藏地百姓展示一番。于是吩咐手下取来一个不到半人身高的酒瓮，央孔雀明王进到瓮中，再将酒瓮扔至水中浸泡三天三夜，三日之后将瓮捞出，若到时孔雀明王还能光彩如初，自己便也尊她为“藏川佛母”。孔雀明王明知是计，却还是欣然应允。次日，大庭广众之下她褪去外衣，只用白色的麻布遮住关键部位，随后一只脚先踏入瓮口，再用瑜伽秘术将身体扭曲缩进小小的酒瓮。吐蕃国王命人将酒瓮用铁链层层锁住，以防孔雀明王逃脱，接着便将它沉入河底。
原本说好三日之后便将孔雀明王放出，可勃伦钦仁兄弟早打定主意致她于死地，竟等了七天七夜才派人将酒瓮捞出。接着吐蕃国王又下令当着文武百官和围观的百姓，将那酒瓮放在火上炙烤。酒瓮不过多时便被烤的通红。就在百姓皆都悲声叹息，勃伦钦仁兄弟得意洋洋以为万无一失之际，只听“啪嚓”一声，酒瓮应声碎裂，孔雀明王破瓮而出跃入高空，浑身肌肤雪白隐隐散着金光，在半空之中好似初升的烈阳。就在众人惊叹不已之时，孔雀明王飞身欺近勃伦钦仁身前，一招“金顶佛光”将勃伦钦仁脑袋拍得粉碎掌毙当场。
孔雀明王站在吐蕃国王身前，手上还滴滴答答流淌着脑